Após baixar o arquivo de retorno do sistema do banco, vá em Relatórios > Arquivos E Remessas > Retorno débito automático:
Selecione o arquivo que o banco disponibilizou e clique em Enviar. Assim irá atualizar todos os débitos do sistema, irá baixar as parcelas recebidas e mostrar se deu algum erro em algum débito, por isso é importante fazer o retorno diariamente.