Após baixar o arquivo de retorno do sistema do banco, vá em Relatórios > Arquivos E Remessas > Retorno débito automático - Importar:
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Selecione o arquivo que o banco disponibilizou e clique em Enviar. Assim irá atualizar todos os débitos do sistema, irá baixar as parcelas recebidas e mostrar se deu algum erro em algum débito, por isso é importante fazer o retorno diariamente.